Con la sistemazione del presbiterio affidata a Maderno, ma più volte progettata in precedenza, viene a crearsi nel primo Seicento, per finalità liturgiche, una nuova indicazione in senso longitudinale che fissa le precondizioni per un nuovo tipo di lettura dell’organismo. Sarà Pietro da Cortona, chiamato da Alessandro VII Chigi, a dare risposta a questa nuova impostazione, con una serie di interventi che, a partire dal baldacchino porticato esterno, investirà con sempre maggiore forza la scena urbana riplasmandola con dense stratificazioni. Meno investigato, invece, il sofisticato processo di unificazione per parti riguardante l’interno della chiesa, che conta come episodio centrale il ripensamento della cupola, dove Cortona, per regolarizzare gli ineguali spicchi, elabora un’invenzione decorativa dalle determinanti ripercussioni su tutta l’architettura barocca; mentre la cappella Chigi crea un ben calibrato controcanto all’affresco superiore di Raffaello. Ma, accanto a questi, ci sono altri episodi, quali la decorazione dell’arco tra navata e ottagono, e sottili accorgimenti, tra cui la prosecuzione delle balaustrate delle cappelle o le rielaborazioni dell’ordinanza, finora scarsamente interpretati come elementi di una ricomposizione complessiva. Sarà su questi aspetti che una riflessione critica potrà dar luogo a interpretazioni innovative.